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结晶紫是一种可以和细胞核中的DNA结合的碱性染料，对细胞核染色。甲基紫染色切片采用水溶性封固剂封固是很必要的，因为局部的脱水作用会破坏红色的多染性。结晶紫饱和酒精溶液是一种组织或细胞染色时常用的可以把细胞核染成深紫色的染色液，一般和其他染色液配合使用或稀释后使用。
石蜡切片二甲苯中脱蜡2次每次5-10min。系列乙醇（100%、95%、85%、75%）复水，每梯度3min。 蒸馏水2min。冰冻切片取出恢复至室温后蒸馏水浸洗2min。
培养细胞用4%多聚甲醛固定10min以上。蒸馏水清洗2次，每次2min。
对于上述处理好的样品：
结晶紫染色液染色（根据染色结果和要求调整时间）。
用蒸馏水或自来水充分洗涤后即可进行观察和拍照。